乙訓寺の文化財
国指定重要文化財
毘沙門天立像
木造十一面観音立像
京都府暫定文化財
狛犬
長岡京市指定文化財
本堂・八幡社・鐘楼・表門（南門＝四脚門）裏門（東門＝高麗門）
その他の文化財
乙訓寺講堂跡
昭和41年、長岡第三小学校建設に伴う発掘調査で講堂跡が見つかった。講堂の規模は東西27メートル、南北12メートル、両端には回廊が付くという立派な建物だったことが裏付けられた。講堂は僧侶が仏法を学ぶ道場で、その北側には五棟の小建物が見つかり、弘法大師が起居されたと考えられる独立した僧坊も同時に発掘された。
これらの結果から、１２００年前当時の乙訓寺は東西約３２７メートル（三町）、南北２１８メートル（二町）、現在の敷地（１１０メートル＝一町＝四方）の６倍もあったことが分かった。
今、これらの遺跡跡は小学校校庭地下に埋没保存され、説明板が校庭南端にある。